Puede que tengas algo de Mutismo Selectivo:
http://es.wikipedia.org/wiki/Mutismo_selectivo
A mi me pasaba lo mismo, cuando en alguna clase de la universidad pasaban la asistencia de manera oral. Me costaba un mundo decir "Presente!", y me ponía más nervioso a medida que se acercaba mi nombre en la lista.
Una forma de más o menos solucionarlo, fué cambiar la expresión "Presente!" por la de "Aquí!"...no sé por qué, pero me costaba menos.
En tu caso , si no hay manera de que te salga la expresión "Gracias" (y como solución momentánea) puedes intentar hacer la mímica, aunque solo salga un "...acias", acompañandola con una sonrisa y una leve inclinación del rostro; incluso con sonreir y hacer el gesto creo que es suficiente, o por lo menos mejor que no poder expresar agradecimiento de ninguna forma, hacia un gesto de cortesía recibido de otra persona.
Un saludo